Mặc dù vậy, vẫn luôn tồn tại nhiều khúc mắt xoay quanh đề tài yaoi:
Yaoi không phải gay sex. Một câu hỏi khá thường gặp là: "Tại sao các cô ấy không xem gay sex luôn đi cho rồi?" Trước tiên, cảm xúc của các nhân vật trong yaoi luôn được ưu tiên hàng đầu trong khi sex chỉ giữ vai phụ (Dù rằng trong đại đa số mọi trường hợp, các cảnh trăng gió mây mưa xảy ra khá là thường xuyên). Trong Yaoi, người ta tìm kiếm "một tình yêu" chứ không phải chỉ có sex; Nhìn chung, hầu hết các gay sex đều không mang được ý nghĩa như thế, gay sex chủ yếu chỉ tập trung vào các hành động chăn gối chứ ít khi chú tâm đến tình cảm của từng nhân vật. Cộng thêm, các tuyến nam nhân vật trong Yaoi không hoàn toàn là gay, họ có là song tính luyến ái (bisexual) hay chỉ "trót lỡ yêu lầm một người con trai khác" (giống như: "Tôi không yêu cậu ấy vì cậu ấy là con trai, mà tôi yêu cậu ấy, trùng hợp là, cậu ấy là con trai"). Điều này hoàn toàn có lý bởi vì ta luôn cảm thấy kích thích hơn nếu nhân vật ta yêu mến có thể làm chuyện ấy với một người cùng giới với ta (nói đích xác hơn là với chính bản thân ta).
Yaoi khác với Shounen-ai.Bình thường nếu người mới đọc yaoi thì hay sẽ bị nhầm với Shounen-ai do trong truyện các vài cảnh nắm tay hay ôm hôn giữa hai trai.Nhưng Shounen-ai chỉ dừng lại ở những cái nắm tay,ôm hôn,thổ lộ tình yêu,còn yaoi thì còn tùy loại,hardcore hay nhẹ.Ranh giới giữa yaoi nhẹ và Shounen-ai khá là mỏng manh nên nhiều người vẫn sẽ nhầm. Phần lớn, yaoi khiến độc giả xúc động.
